Założenie parafii bydgoskiej odnosi się do bardzo szerokiego okresu czasu obejmującego XI-XIV w. Fundacja kościoła farnego w Bydgoszczy najprawdopodobniej miała miejsce jeszcze w połowie XIII w., choć przede wszystkim wiąże się z ustanowieniem przez króla Kazimierza III Wielkiego w dniu 19 kwietnia 1346 roku gminy miejskiej na prawie magdeburskim. Jak pisze L. Łbik (2004): „Prace przy wznoszeniu pierwotnej Fary dobiegły końca w drugiej połowie XIV wieku. Była ona niewielką budowlą murowaną, jednonawową bądź salową, czyli pozbawioną wydzielonego architektonicznie prezbiterium. W styczniu 1425 roku odbył się w niej synod kleru kujawsko-pomorskiej diecezji włocławskiej, w granicach której Bydgoszcz pozostawała do 1765 roku, kiedy przeszła pod diecezjalną władzę arcybiskupów z wielkopolskiego Gniezna. Kilka miesięcy po synodzie świątynię strawił ogień wielkiego pożaru miasta. Budowa nowego, zachowanego do dziś gmachu kościelnego ruszyła niebawem po katastrofie z wiosny roku 1425.”
Powierzchnia odbudowanego obiektu została wydatnie powiększona do 604 m kw. Pojemność świątyni obliczona była na ok. 1800 wiernych (Łbik 2004). Kościół otrzymał wydłużone prezbiterium, zakrystię oraz główny korpus złożony z trzech naw o równej wysokości. Ciekawostką jest fakt, że prezbiterium jest szersze od nawy głównej o ok. 2 m., występuje także odchylenie jego osi względem osi nawy głównej o ok. 1 m., zakłócające jego symetrię. W jego mury włączono pozostałości poprzedniej świątyni, co widoczne jest w zarysach murów północnej  nawy. Przypuszcza się, że wielkość prezbiterium umożliwiała ciągłość odprawiania nabożeństw podczas całego procesu odbudowy kościoła (Łbik2003). Z dokumentów wynika, ze w 1466 r. obiekt był już właściwie ukończony i w pełni funkcjonalny; jak wskazuje Łbik (2003), za datę ukończenia budowy kościoła tradycje uznaje także rok 1502). Gospodarzem kościoła była Rada Miejska: burmistrz i rajcowie. Bezpośrednio zarządem majątkiem parafii zajmowali się wybieralni przez Radę tzw. witrycy tj. przedstawiciele parafian. Do bydgoskiej parafii należały kaplice i kościoły (m.in. szpitalne) wznoszone na przedmieściach miasta. Oprócz kościoła św. Idziego były to: kościół św. Ducha na Przedmieściu Gdańskim, kościół św. Krzyża na Przedmieściu Chwytowskim, kościół św. Trójcy na Przedmieściu Poznańskim, kościół św. Stanisława na Przedmieściu Kujawskim. Na terenie miasta powstawały także inne świątynie np. kościoły zakonne. W czasach pruskich prawie wszystkie zostały rozebrane. Świątyni farnej patronowało czterech świętych biskupów: Marcin, Mikołaj, Stanisław, Wojciech. Najczęściej używano jednak wezwania świętego Mikołaja z rzymskiej Miry, bądź świętego Marcina z francuskiego Tours i ostatecznie podczas kolejnej konsekracji kościoła w 1831 r. wezwanie kościoła odniesiono tylko do tej pary świętych. W ciągu swojej historii obiekt przeszedł wiele modyfikacji budowlanych. np.: wymurowano dolne kondygnacje wieży-dzwonnicy (XV/XVI w.), którą w 1650 r. uzupełniono o trzecią kondygnację, postawiono piętrową kruchtę z otwartym przedsionkiem, podwyższono dachy kościoła, prezbiterium zamknięto sklepieniem gwiaździsto-sieciowym,  rozbudowano gotycką zakrystię (1585 r.), kalenicę dachu przyozdobiono  wieżyczką z niewielkim dzwonem-sygnaturką (1559 r.), zastąpioną potem zachowaną do dziś barokowa wieżyczką (1702). Od XV do XVII w. mieszkańcy miasta ufundowali cztery kaplice boczne, wyposażając je w ołtarze (kaplica św. Anny - 1466 r., kaplica Świętego Jana Apostoła i Ewangelisty - 1612, kaplica Świętego Szczepana - 1597 r., kaplica kopułowa Świętych Fabiana i Sebastiana - 1617 r.). Kościół był sukcesywnie upiększany, a jego inwentarz - jak wylicza L. Łbik (2004) „obejmował liczne i różnorodne księgi, kosztowne i kunsztowne monstrancje, kielichy, krucyfiksy, pacyfikały, kadzielnice, puszki, ornaty, kapy, dalmatyki, rzeźby, obrazy, chorągwie, dzwony, konfesjonały, ławki, stalle oraz szeroki zestaw innych sprzętów. Większość zabytkowego wyposażenia przepadła w ostatnich stuleciach. Zaginęły też relikwie świętych męczenników, dziewic, biskupów i apostołów: Kastula, Felicysyma, Bonifacego, Urbana, Cecylii, Katarzyny Aleksandryjskiej, Wojciecha, Mikołaja (ząb), Andrzeja, jak również uznawany za relikwię kamyk z grobu świętego Piotra. Skarbczyk farnych relikwii tworzy obecnie siedemnaście kości Jedenastu Tysięcy Świętych Dziewic, towarzyszek świętej Urszuli, które pozyskano z kościoła pobernardyńskiego (tkwią w tabernakulum ołtarza Świętego Antoniego Padewskiego). Już od XVI wieku nabożeństwa w Farze uświetniała muzyka organowa, atoli dzisiejsze organy pochodzą z rynkowego kościoła pojezuickiego, rozebranego przez Niemców w roku 1940. Rokokową ambonę i stalle przeniesiono do Fary z karmelickiego kościoła Mariackiego, stojącego do XIX wieku na obecnym placu Teatralnym”.
W świątyni znajdowały się liczne ołtarze. Ich liczba w ciągu wieków ulegała wahaniom. Patronowały im m.in. Trójca Święta (pierwotny prezbiterialny ołtarz główny), Chrystus Bolesny, Święty Krzyż, Maryia Panna, św. Anna, św. Katarzyna Aleksandryjska, św. Barbara, św. Stanisław, św. Wawrzyniec, św. Roch, św. Antoni Padewski, św. Tadeusz, św. Mikołaj, św. Michał Archanioł, św. Szczepan, św. Jan Ewangelista, św. Fabian i św. Sebastian (Łbik 2004). Większość z nich zniszczono w początkach XIX w.
Uzupełniono je nabytkami datowanymi na XVII i XVIII w. pochodzącymi ze zlikwidowanych kościołów klasztornych bydgoskich karmelitów i bernardynów: ołtarze Świętego Rocha i Świętego Antoniego Padewskiego przejęto z kościoła pobernardyńskiego, a Świętego Józefa i Matki Boskiej Szkaplerznej - z klasztoru karmelitów. Współczesny ołtarz główny przeniesiono z nawy północnej. W barokowej nastawie wyeksponowany jest późno gotycki obraz Maryi z Różą (Matka Pięknej Miłości). Ołtarz ufundowali mieszczanie bydgoscy wraz ze starostą bydgoskim Janem Kościeleckim w 1466 r. Od XVII w. obraz otacza aura cudowności, a jego kult trwa do dnia dzisiejszego (wyjąwszy lata osłabienia jego adoracji w czasie zaborów wskutek osłabienia katolicyzmu w mieście przez żywioł ewangelicki).
Kościół przez wieki stanowił centrum parafialnego życia religijnego, skupiając liczne bractwa i stowarzyszenia stawające sobie nie tylko cele religijne, ale także towarzyskie, samopomocowe i charytatywne: Bractwo Bożego Ciała (1466-1609), Bractwo Najświętszej Maryi Panny (1505-1555), Bractwo Kapłańskie (II poł XVI w.), Bractwo Świętej Trójcy (XVII-XVIII w.). Od XVI do XIX w. wieku w Farze działało do jedenastu bractw cechowych (m.in. czapników, rzeźników, szewców, kuśnierzy, krawców, kowali, stolarzy, piekarzy, kramarzy, szyprów) (Łbik 2004).
Placówką ściśle związaną z parafią i kościołem była szkoła parafialna działająca od 1466. L. Łbik (2003) w swoim pogłębionym studium dziejów kościoła pisze: „W końcu XVI w. uczęszczało do niej około stu pięćdziesięciu chłopców, edukowanych w pełnym zakresie siedmiu sztuk wyzwolonych, obejmującym łacińską gramatykę, retorykę, dialektykę, arytmetykę, geometrię, muzykę i astronomię, co znacznie wykraczało poza elementarne umiejętności czytania i pisania po łacinie oraz rachowania na poziomie czterech działań. Pod okiem nauczyciela i wspomagającego go kantora, męska młódź bydgoska uczyła się ponadto szeroko pojętej ministrantury, zwłaszcza śpiewu liturgicznego, uświetniając swoimi głosami rozliczne nabożeństwa i procesje. Zgłębiała również prawdy wiary, czyniąc to od drugiej połowy XVI w. w oparciu o drukowane katechizmy, w tym specjalny katechizm dla młodzieży głośnego szermierza kontrreformacji, jezuity Piotra Kanizjusza (1521-1597). Zmierzch świetności szkoły zaczyna się w następnym stuleciu, kiedy opuszczają ją stopniowo synowie zamożnych mieszczan, skuszeni perspektywami nauki w pobliskiej szkole jezuickiej czy w zamiejscowych gimnazjach akademickich o ustalonej renomie: gdańskim, elbląskim, toruńskim i chełmińskim.”
Wiek XVII to okres fizycznej degradacji kościoła. Zapoczątkował ją potop szwedzki (1655-1660) i związane z tym załamanie się bałtyckiego handlu zbożem, skutkujące kryzysem gospodarczym miasta, który zahamował większość fundacji i inwestycji. Przez następne dziesięciolecia wieku XVIII kościół popadał w ruinę, na co alarmująco wskazywali kolejni wizytatorzy kościoła w okresie 1712-1763. Odrodzeniu się świątyni nie sprzyjał także okres Księstwa Warszawskiego (1807-1815), gdy kościół był przez wojska rosyjskie i francuskie wykorzystywany na cele militarne.
Pierwsze prace renowacyjne przeprowadzono w latach w latach 1819-1829 z inicjatywy władz pruskich (po I rozbiorze Polski miasto znalazło się w zasięgu wpływów Prus). Trzy znajdujące się w daleko posuniętej ruinie kaplice boczne rozebrano. Czwartą, północną zachowano pod nowym wezwaniem św. Krzyża. Kolejne prace konserwatorskie prowadzono w latach 1922-1926, 1945-1955 wskutek starań ówczesnych proboszczów Tadeusza Skarbka-Malczewskiego oraz Franciszka Hanelta (Łbik 2003). Bardzo szeroko prace renowacyjne objęły m.in. wykonanie modernistycznych polichromii ścian, wykonanie przeszkleń witrażowych, uzupełnionych po zniszczeniach II wojny światowej.
Bydgoska Fara jest dziś nie tylko najstarszym zabytkiem architektury miasta, świadkiem jego historii. Przechowując zabytki przeniesione ze zlikwidowanych nieistniejących już religijnych instytucji i świątyń, które przed wiekami zaistniały w dziejach miasta i wydatnie zaważyły na jego losach jest swoistym muzeum, nośnikiem pamięci sięgającej w głąb ostatniego tysiąclecia.

Literatura
Łbik L., 2004, Fara - świadek historii miasta, „Kalendarz Bydgoski”, s. 191-195.
Łbik L., 2003, Staropolskie dzieje bydgoskiej fary (XIV–XVIII wiek). [w:] Kronika Bydgoska XXIV (2002). Bydgoszcz, s. 11-73

Literatura uzupełniająca
Parafia katedralna św. Marcina i Mikołaja [on line] https://www.ס.pisz.pl/Parafia_farna_w_Bydgoszczy (data dostępu: 20.06.2023).
Zyglewski Z., 2018, Bydgoska fara w świetle wczesnych źródeł ikonograficznych i kartograficznych, [w:] Kościół katedralny w Bydgoszczy, red. Aleksander Jankowski, Dariusz Karczewski. Bydgoszcz, s. 141-165.
Chamot M., 2000, Kościół katolicki w Bydgoszczy w czasach zaborów, „Kalendarz Bydgoski” 2000.
Derenda J., 2006, Piękna stara Bydgoszcz, t. I z serii „Bydgoszcz, miasto na Kujawach”, praca zbiorowa, Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy, Bydgoszcz.

Fotografia
Rafał G. Nowicki - Fara bydgoska