Podczas pożaru klasztoru w 1545 r. część książek spłonęła. Był to księgozbiór podręczny przechowywanych w celi kaznodziei, ale księgozbiór z biblioteki głównej udało się uratować.
Zakres tematyczny dzieł zgromadzonych w bibliotece bernardyńskiej obejmował głównie tematykę teologiczną i filozoficzną (filozofia według średniowiecznej doktryny traktowana był służebnie wobec teologii - królowej nauk kościelnych). Duży zasób ksiąg dotyczył też zagadnień prawnych. Zdecydowanie mniej było dzieł historycznych (wśród nich żadnego z zakresu historii Polski) oraz poświęconych geografii, matematyce czy astronomii.
W zbiorach librarii zgromadzono księgi drukowane u cystersów w Gdańsku, jezuitów w Poznaniu i w Kaliszu. Przyjmowano także druki słynnych drukarni europejskich: drukarza Aldusa Manutiusa i typografa Giunta z Wenecji, prace z drukarni Jana Moretusa, Krzysztofa Plantina, Jana Forbena, Jana Oporina, wytwory drukarskich rodzin Quentellów i Bircmannów.
Księgozbiór zasiliły dzieła wybitnych intelektualistów tamtych czasów np. dzieło filozofa i teologa Jana Dunsa Scotta, "Qauestiones selectae". Najstarsza z ksiąg „Homiliae” św. Jana  Chryzostoma pochodzi sprzed 1466 r. (Mincer 1989/1991). „Zachowało się wiele zbiorów kazań i żywotów świętych: od trzech XV-wiecznych wydań „Złotej legendy” Jakuba de Voragine, najpoczytniejszej książki średniowiecza, po XVIII-wieczne zbiory kazań polskich. Zachowały się również dzieła reformacyjne - Melanchtona i Lutra oraz kontrreformacyjne - a wśród nich pierwsze polskie prace z zakresu teologii polemicznej autorstwa Walentego Wróbla, Stanisława Hozjusza i Stanisława Sokołowskiego.” (biblioteka.bydgoszcz.pl). Ciekawostką jest fakt, że w zasobach tych znalazła się cenna, aczkolwiek naznaczona ponurą sławą księga średniowiecznego inkwizytora Henryka Kramera "Romanae ecclesiae fidei defensionis cyprus adversus waldensium". Zachował się także jedyny na świecie egzemplarz ulotki Hieronima Savonaroli pt. "Regulae, cuae, comnes religiosos pertinent" datowanej na 1489 r. - jednej z tych, które kaznodzieja rozrzucał wówczas na ulicach Florencji.
Największy rozwój biblioteki bernardyńskiej należy datować na XVI w. Biblioteka rozwijała się dzięki rozmaitym darom, zapisom i dokonywanym przez samych zakonników zakupom. Ofiarodawcami biblioteki byli prowincjałowie i kustosze zakonu w Polsce, rezydenci klasztoru bydgoskiego np. Bartłomiej z Bydgoszczy, miejscowi mieszczanie, szlachta. Wielu z nich pozostało anonimowymi, natomiast do znanych z nazwiska należą m.in. starosta bydgoski Janusz Kościelecki, Piotr Czarnkowski (przedstawiciel wielkopolskiej magnaterii prowincjonalnej), Andrzej Rozrażewski (właściciel okolicznych, podbydgoskich wiosek i dobrodziej klasztorów bydgoskich), ks. Sebastian Dolski (wikary kościoła parafialnego), ks. Ludwig Formański z Mroczy, kapelan kościoła i szpitala św. Krzyża Jan Synodoniusz z Pakości, solecki starosta Antoni Grasiński, burmistrz Bydgoszczy Wojciech Łochowski, mieszczka Elżbieta Szychowa i in. W wieku XVII napływ książek się zmniejszył, choć nadal był znaczny, jednak dobór dzieł pozyskanych wówczas był już mniej ciekawy. Wiek XVIII przyniósł wyraźne spowolnienie świadczące o pewnym regresie klasztoru (Mincer 1989/1991). Niewątpliwie na ten kryzys wpłynął zakaz prowadzenia wykładów przez bernardynów poza uczelniami zakonu, co w dużym stopniu odcięło zakon od intelektualnych prądów swojej epoki i skutkując sukcesywnym ochładzaniem atmosfery intelektualnej (Mincer 1989/1991).
Pierwsza formalna udokumentowana inwentaryzacja zasobów biblioteki bernardyńskiej miała miejsce w 1810 r. i wykazała łącznie 2400 dzieł. Jednakże proces uszczuplania zbiorów, który zaczął się już wcześniej postępował i w 1817 r. biblioteka liczyła 1989 woluminów (Mincer 1989/1991). Po kasacie klasztoru zbiory przeniesiono do bydgoskiej fary. „Nie ulega wątpliwości - pisze F. Mincer (1989/1991), że w tym czasie dawny księgozbiór bernardyński musiał być rozsprzedawany lub też został po prostu rozkradziony, gdyż zmniejszył się o dalszych kilkaset tomów. Obecnie książki z biblioteki bernardyńskiej znaleźć można w niektórych większych bibliotekach polskich (np. w Ossolineum), a nawet ciągle jeszcze pojawiają się one w sprzedaży antykwarycznej.” Na przechowywany w farze księgozbiór zwrócono uwagę dopiero po publikacji przez ks. K. Kantaka kroniki bernardyńskiej (Kantak 1907). Na początku lat 20. XX w. przekazano go na stałe do Biblioteki Miejskiej. Proces redukcji zbiorów trwał jednak nadal, bowiem w czasie okupacji Niemcy uszczuplili zasób o dalsze 89 egzemplarzy, które ostatecznie uległy zniszczeniu.
Inspiratorem odtworzenia i wyeksponowania „Biblioteki Bernardina” w godnym dla niej miejscu był Witold Bełza (1886-1952), dyrektor biblioteki miejskiej w Bydgoszczy w latach 1920-1939 i 1945-1955. Głównymi projektantami pomieszczeń dla zabytkowych zbiorów był Rypniewski i Zabielski (Brandowski 1936). Projekt wsparła pomoc prezydenta Barciszewskiego i mieszkańców miasta.
Obecnie Biblioteka Bernardina przechowywana jest w Wojewódzkiej i Miejskiej Bibliotece Publicznej w Bydgoszczy, która kontynuuje tradycje bydgoskiej biblioteki okresu międzywojennego. Katalog dzieł liczy 1557 (1555 - wg biblioteka.bydgoszcz.pl) dzieł, w tym: 98 ksiąg z XV w., 758 ksiąg z XVI w., 583 księgi z XVII w. i 118 dzieł z XVIII w (Mincer 1989/1991). Galeria zdjęć i możliwość wirtualnego zwiedzania dostępne są na stronach Wojewódzkiej i Miejskiej Biblioteki Publicznej w Bydgoszczy: biblioteka.bydgoszcz.pl.

Literatura
Brandowski T., 1936, Wskrzeszone dzieło Bernardynów bydgoskich. Dzieje i losy cennego księgozbioru z XVI wieku t.zw. „Bibliotheca Bernardina”, „Dziennik Bydgoski” z 5 kwietnia 1936, nr 81, s. 15.
Kantak K., 1907, Kronika Bernardynów w Bydgoszczy, Roczniki Towarzystwa Przyjaciół Nauk Pozańskiego, t. XXXIII, s. 1-333.
Mincer F., 1989/1991, Biblioteka bernardynów bydgoskich i jej ofiarodawcy. Kronika Bydgoska XI (1989). Bydgoszcz 1991, s. 221-234.

Fotografia
źródło: Biblioteka Bernardynów [on line] https://biblioteka.bydgoszcz.pl/biblioteka-glowna/biblioteka-bernardynow/ (data dostępu:20.07.2023)