Mury pierwszej świątyni murowanej zaczęto wznosić w Fordonie w 1598 r. z inicjatywy ówczesnego proboszcza parafii fordońskiej ks. Baltazara Miaskowskiego. W I poł. XVII w. w Fordonie stał już jednonawowy, bezwieżowy kościół murowany, wzniesiony w późnogotyckiej stylistyce. Stare ryciny sugerują, że znajdował się on poza ówczesną miejską zabudową w pobliżu miejsca przeznaczonego dla osób przeprawiających się promem przez Wisłę. Wiadomo, że w XVIII w. przy kościele działała szkoła parafialna oraz przytułek dla ubogich. W czasie potopu szwedzkiego szwedzcy rajtarzy spalili miasteczko. Zniszczeniom uległ także kościół. W 1691 roku zrujnowany kościół odbudowano - dostawiono nową kaplicę św. Anny, a w I poł. XVIII w. dobudowano kruchtę i sygnaturkę. Budowla w prawie niezmienionej formie przetrwała do 1927 r. Na zachowanych fotografiach widać, że składała się z dwóch części - wyższej nawy i niższego prezbiterium.
Należy dodać, że od XVII w. Fordon rozwijał się jako miasto wielokulturowe. W XVIII w. na ok. 900 mieszkańców ponad połowa była narodowości żydowskiej. Osiedlali się tutaj także niemieccy ewangelicy. W roku 1875 miasto liczyło 1840 mieszkańców, w tym 421 katolików, 851 ewangelików i 468 Żydów Na początku XX w. w mieście mieszkało ok. 6500 Polaków, ok 750 Niemców i niespełna 30 Żydów. Po II wojnie światowej struktura demograficzna i wyznaniowa uległa dalszej zmianie. Fordon szybko ujednolicił się narodowościowo i wyznaniowo. Wzrosła liczba katolików i stara niewielka świątynia stała się niewystarczająca dla potrzeb rozwijającej się parafii. W 1923 r. powzięto decyzję o budowie nowego kościoła. Prace budowlane wg projektu Stefana Cybichowskiego rozpoczęto w 1926 r. Kościół z małej gotyckiej świątyni zamieniał się w neobarokowy monumentalny okazały kościół z wieżą nakrytą charakterystycznym hełmem. Prace wykończeniowe kontynuowano jeszcze u progu trzeciego dziesięciolecia XX w. 
Budowla ma długość 38 metrów, jest jednonawowa z prezbiterium od strony północnej. Przy południowo-wschodnim narożniku wznosi się wieża o wysokości 48,8 m. Ołtarz główny pochodzi z 1937 r. (projekt S. Cybichowskiego), ale we wnętrzu zainstalowano także ołtarz ze starej świątyni. Z wyposażenia poprzedniej świątyni pochodzą także trzy feretrony (obrazy dwustronne) z XVIII w., złoty kielich z XVI w. z renesansowa dekoracją, kielich z XVIII w. oraz monstrancja z XVIII w. W mury nowego kościoła włączono fragmenty poprzedniej budowli. Ta najstarsza część to kaplica akademicka przylegająca do kościoła od strony wschodniej. Polichromię ścian wnętrza wykonał w latach 50. XX w. prof. Konrad Dargiewicz. Świątynia posiada organy zbudowane przez słynną formę Wilhelma Sauera z Frankfurtu nad Odrą (przed 1945 r. organy były zainstalowane w fordońskim kościele ewangelickim). 
2 października 1939 r., przed frontem kościoła,  odbyła się publiczna egzekucja, w której zginęli m.in.: ks. prał. Henryk Szuman,  ks. Herbert Raszkowski, burmistrz miasta i mieszkańcy Fordonu. Wieść niesie, że po egzekucji ślady krwi ofiar nie dawały się usunąć z posadzki i Niemcy nakazali wymianę płyt chodnikowych. Kilka dni później w pobliskich lasach miały miejsce masowe egzekucje dokonywane przez Niemców.

Szczegółowy i niezwykle interesujący wykład historii kościoła św. Mikołaja w Fordonie dają Tadeusz Rusiniak i Henryk Wilk w opracowaniu pt. Historia parafii, kościoła św. Mikołaja i  Fordonu (patrz - Literatura).

Literatura
Rusiniak T., Wilk H., Historia parafii, kościoła św. Mikołaja i  Fordonu [on line] http://mikolaj.bydgoszcz.pl/czytelnia/historia_parafii_hw.pdf (data dostępu: 12.08.2023)
Zyglewski Z., 1999, Materiały do dziejów bractwa św. Anny przy kościele św. Mikołaja w Fordonie. „Kronika Bydgoska – tom specjalny wydany z okazji wizyty papieża Jana Pawła II w Bydgoszczy”. Bydgoszcz.

Fotografia
Kościół św. Mikołaja w Fordonie, fot. Rafał G. Nowicki