Kościół zaprojektowano w stylu neogotyckim. Świątynia jest orientowaną trójnawową bazyliką z prezbiterium zamkniętym trójboczną apsydą. Ściany elewacji z klinkierowej cegły są oszkarpowane (wzmocnione przyporami). W wybudowanej prawdopodobnie na początku XX w. wieży umieszczono dwa dzwony. W kościele zainstalowano organy popularnej w Bydgoszczy firmy Wilhelma Sauera z Frankfurtu nad Odrą.
Do fordońskiej parafii ewangelickiej wchodziło wówczas 36 okolicznych miejscowości. Liczba parafian w latach dwudziestych XIX w. wynosiła ok. 2 tys. wiernych (w samym Fordonie - 307 osób). Przed I wojną światową liczba ta wzrosła do 3 tys. Ewangelicy stanowili wówczas większość społeczności Fordonu. W okresie międzywojennym parafia ewangelicka obejmowała m.in. Strzelce Dolne, Strzelce Górne, Jarużyn, Mariampol, Zofin, Łoskoń, Pałcz, Czarnówko, Siernieczek, Brdyujście. Diametralne zmiany wyznaniowej struktury społecznej nastąpiły po I wojnie światowej, kiedy odnotowano tutaj ok. 900 ewangelików, a zwłaszcza po II wojnie światowej, gdy liczba ta skurczyła się do 300 osób.
II wojna światowa zaznaczyła się w historii Fordonu szczególnie tragicznymi wydarzeniami. Okoliczne lasy stały się miejscem eksterminacji setek mieszkańców Bydgoszczy, Fordonu oraz okolicznych wsi i miasteczek. Prologiem tych ponurych wydarzeń była egzekucja dokonana przez Niemców w dniu 2 października 1939 r. pod murami kościoła św. Mikołaja na fordońskim rynku. Obok przedstawicieli fordońskiej inteligencji i kapłanów (ks. prał. Henryk Szuman i ks. Herbert Raszkowski) zginął wówczas burmistrz miasta Wacław Wawrzyniak.
Po wojnie wskutek likwidacji parafii ewangelickiej kościół został przekazany katolikom, jednak proceduralne zaniechania spowodowały, że faktyczne przejęcie obiektu nastąpiło dopiero w latach 80. XX w. Do tego czasu kościół zamieniono na magazyn zboża, a później magazyn odzieży ochronnej.
W 1983 r. dzięki staraniom proboszcza parafii ks. Stanisława Grunta świątynię przekazano parafii św. Mikołaja w Fordonie. Budynek był już poważnie zniszczony i wymagał pilnych napraw. Kapitalny remont przeprowadzono w latach 1983-1985. Uroczyste poświęcenie kościoła miało miejsce w 1985 r., a konsekracji dokonał biskup chełmiński ks. Marian Przykucki. Przez kilka lat świątynia pełniła funkcję ośrodka duszpasterstwa akademickiego.
W 1990 r. erygowano w Fordonie nową parafię a jej kościołem parafialnym stał się kościół św. Jana Apostoła. Kościół jako centrum duchowe nowej parafii stopniowo odzyskiwał dawny blask. Wystrój kościoła zaprojektowali w latach 90. XX w. artyści plastycy m.in. Halina i Włodzimierz Krzemkowscy z Bydgoszczy. Autorem części obrazów oraz Drogi Krzyżowej jest artysta plastyk Władysław Burchardt. W latach 2012-2013 przeprowadzono prace konserwatorskie mające na celu podniesienie kondycji technicznej budynku oraz wartości estetycznej wnętrza i na zewnątrz budynku. Kościół jest sukcesywnie wyposażany w udogodnienia dla osób niepełnosprawnych.

Literatura
Krótka historia kościoła i parafii św. Jana Apostoła i Ewangelisty (opracowanie: Aleksandra Biernacik i ks. Janusz Tomczak [on line] http://www.janbydgoszcz.pl/historia-parafii-i-kosciola/ (data dostępu: 27.07.2023).
Książek P., 1998, Historia kościoła pw. św. Jana Apostoła i Ewangelisty w Fordonie, 1998.
Pastuszewski St., 1992, Pierwsze świątynie ewangelickie, Kalendarz Bydgoski.
Rybka P., 2020, Kościół św. Jana w Fordonie. Bydgoszcz-Fordon.

Fotografia
Rafał G. Nowicki - Kościół św. Jana Apostoła w starym Fordonie (widok od południa)