Fundacje bydgoskich mieszczan i szlachty dały materialne oparcie dla działalności zakonu. Na przykład Jan Łochowski ofiarował kamienicę na potrzeby jezuitów, państwo Rychłowscy darowali dwie kamienice, plac w mieście i wieś Gogolin. Darowizny te pozwoliły jezuitom rozwijać działalność kaznodziejską i edukacyjną. W jednej z kamienic zakonnicy zorganizowali dwuklasową szkołę, przy której działała szkoła gramatyki.
Z czasem swoją ofiarną działalnością na rzecz społeczności miasta i okolic jezuici zaskarbili sobie sympatię i szacunek. E. Alabrudzińska (1989/1990) pisze m.in., że  „W latach 1623-1624 panowała w Bydgoszczy zaraza, która pochłonęła około 2000 ofiar. Jezuici nieśli w tym ciężkim okresie pomoc zarażonym i otaczali ich opieką duszpasterską. Głosili w czasie zarazy misje i rekolekcje, urządzali 40-godzinne nabożeństwa, połączone z biczowaniem. Udzielali również wsparcia klaryskom bydgoskim. Jezuici objęli swoją działalnością wówczas i Nakło, gdyż podczas zarazy umarł proboszcz tego miasta. W 1626 roku jezuici bydgoscy wyspowiadali wielu żołnierzy ciągnących do Prus Królewskich na walkę ze Szwedami.”
Pierwsze dziesięciolecia XVII wieku jezuici pracowali przy bydgoskiej farze. W latach 1936-37 dzięki fundacji Kaspra Działyńskiego - dziekana kapituły włocławskiej a potem biskupa chełmińskiego, jezuici rozpoczęli budowę własnego kościoła. Wskutek nieporozumień i niesłusznych zarzutów dotyczących sposobu wydatkowania funduszy, początkowa atencja darczyńcy wobec bydgoskich jezuitów z czasem przerodziła się w ostry konflikt. Pomimo kaznodziejskich sukcesów zakonników dyskutowano nawet likwidację bydgoskiej rezydencji. Ostatecznie nie doszło do tego głównie dzięki staraniom kanclerza wielkiego koronnego i starosty bydgoskiego Jerzego Ossolińskiego (Alabrudzińska 1989/1900). Opieka tego możnego protektora poparta niejednokrotnie wysokimi fundacjami sprawiła, że ośrodek jezuicki w Bydgoszczy mógł się nie tylko dalej rozwijać, ale w 1647 r. został awansowany do rangi kolegium. Do Jerzego Ossolińskiego dołączyli inni dobrodzieje zakonu (np. hetman polny koronny, Marcin Kalinowski) i dzięki wysokim zapisom finansowym rozwój placówki (w tym budowa kościoła i kolegium) mógł być bez przeszkód kontynuowany.
Budowę kościoła zakończono na przełomie lat 1648/1649. W maju a w dniu 1649 roku kościół poświęcono. Świątynia otrzymała wystrój manierystyczny z fasadą skierowaną w stronę rynku. Prace przy budowie kolegium trwały do 1653 r. Obok kolegium pod koniec XVII w. wzniesiono nowy gmach szkoły, który rozbudowywano jeszcze na początku XVIII w (Alabrudzińska 1989/1900).
Jak pisze E. Alabrudzińska (1989/1900) - „…materialnie kolegium zabezpieczone było doskonale. Posiadało ono następujące dobra ziemskie: Pęchowo z folwarkiem, Chrząstkowo, Płonkowo, Prądy, Gogolinek, Drzewce, Ponikwy, polski i niemiecki Kruszyn z folwarkiem Kruszynek, Murowanice, Sumkorzyce, Zawodów, Tryszczyn i Czyżkówko. Oprócz tych kilkunastu wsi i folwarków w posiadaniu jezuitów było kilka kamienic (…) w Bydgoszczy oraz różne zapisy na ogólną sumę około 100000 zł polskich. Dochód placówki z dóbr i procentów wynosił około kilkunastu tysięcy złotych polskich.”
W bydgoskim ośrodku jezuickim kształcili się synowie bydgoskich mieszczan i okolicznej szlachty. Placówka obok szkół prowadzonych przez inne bydgoskie zakony była wyróżniająca i ceniona, odegrała także ważną rolę w kształtowaniu lokalnego życia kulturalnego.
Były jednak okresy, kiedy kolegium działało nie bez poważnych trudności. Kompleks był kilkakrotnie splądrowany, a folwarki zniszczone przez wojska szwedzkie z upodobaniem stosujące szczególne represje wobec jezuitów jako źródła propagandy katolickiej. Duże spustoszenie spowodowała także zaraza panująca w mieście w połowie XVI w. Na domiar tego w 1650 zmarł Jerzy Ossoliński, co pozbawiło kolegium stabilnych dotacji. Dyskusje o likwidacji rezydencji zaczęły rozbrzmiewać ponownie. Pomimo tego intensywna praca misyjna i edukacyjna zakonników trwała nadal. Przy kolegium i szkole powstała biblioteka (część bogatego księgozbioru bezpowrotnie dwukrotnie zrabowali Szwedzi; był to największy księgozbiór w mieście obok księgozbioru bernardynów), teatr (aktorami byli uczniowie kolegium, a autorami sztuk profesorowie szkoły), kongregacja mariańska i bursa muzyczna. Liczba uczniów w niektórych okresach dochodziła do 200, co w tamtych czasach było istotnym osiągnięciem. Warto wspomnieć, że przedstawienia teatralne uświetniały pobyt w Bydgoszczy królów polskich: Zygmunta III Wazy, Jana Kazimierza i Stanisława Leszczyńskiego oraz wizyty magnatów - fundatorów szkoły np. Jerzego Ossolińskiego, biskupa Kaspra Działyńskiego i biskupa Szembeka. Pierwsza bydgoska sala teatralna znajdowała się w skrzydle zachodnim kolegium - na pierwszym piętrze i mogła pomieścić około 300 osób. Sala służyła zarówno zawodowym i amatorskim trupom teatralnym i jeszcze długo po zamknięciu kolegium w 1781 r. była ważnym ośrodkiem ruchu teatralnego w mieście aż do momentu wybudowania nowego obiektu teatralnego w 1824 r. na miejscu dawnego konwentu karmelitów.
Profesorami kolegium byli niejednokrotnie wybitni w swoim czasie intelektualiści m.in. autor słynnego herbarza - Kasper Niesiecki czy autor książek, jeden z rektorów szkoły - Bartłomiej Wąsowski.
Rozbiór Polski w 1772 roku włączył miasto w sferę wpływów pruskich. Rok później papież Klemens XIV powziął decyzje o rozwiązaniu zakonu jezuitów. Wprawdzie Fryderyk II pozwolił działać zakonowi nadal na terenie Prus, jednak ostatecznie w wyniku brewe kasacyjnego biskupa kujawskiego zakon zlikwidowano. Ponownie w Bydgoszczy księża jezuici pojawili się dopiero w 1946 r. Monumentalna budowla dawnego kolegium jezuitów znajduje się przy obecnej ul. Jezuickiej i jest siedzibą władz miejskich (Derenda 2006).

Literatura
Alabrudzińska E., 1989/1990, Kolegium jezuickie w Bydgoszczy w XVII i XVIII w. In. Kronika Bydgoska XI (1989). Bydgoszcz 1991.
Derenda J., 2006, . Piękna stara Bydgoszcz – tom I z serii Bydgoszcz miasto na Kujawach. Praca zbiorowa. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2006.
Pawlak M., 2009,  Kolegium Jezuickie w Bydgoszczy (1619-1780). [w.] Kronika Bydgoska XXX 2008. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2009.

Fotografia
R. G. Nowicki - Gmach dawnego kolegium jezuickiego, obecnie Urząd Miejski w Bydgoszczy