Kronika Wojciecha Łochowskiego - rajcy i burmistrza miasta, wzmiankuje, że pierwotny kompleks został ufundowany przez mieszkańców miasta w 1502 r. Natomiast w roku 1528 r. na miejscu tych wczesnych zabudowań z polecenia starosty Stanisława Kościeleckiego postawiono nowy szpital z kościołem pod tym samym wezwaniem. Budynek szpitala został ukończony w 1544 r., natomiast prace przy wznoszeniu świątyni zamknięto prawdopodobnie dopiero w 1583 r. (Michna 2010). Cześć badaczy dziejów Bydgoszczy przyjmuje, że kompleks szpitalno-kościelny św. Stanisława na Kujawskim Przedmieściu był kontynuatorem podupadłego już tym czasie kościoła i szpitala św. Ducha zlokalizowanego przy drodze do Gdańska (w miejscu kościoła św. Ducha powstał w XVII w. kościół i kompleks klasztorny bydgoskich bernardynek zwanych klaryskami). Jak wynika z XVI-wiecznych protokołów wizytacji istniały tu dwa domy szpitalne: dla chorych i zdrowych pensjonariuszy. Mieszkało w nich ok. 50-60 pensjonariuszy. R. Michna (2010) w swoich opracowaniach dostarcza sporo ciekawostek ilustrujących obyczajowość pensjonariuszy hospicjum. Na przykład pisze, że ówczesnych wizytatorów placówki bardzo niepokoił fakt, iż „… pensjonariusze nie modlili się ani rano, ani wieczorem. Na ubogich często płynęły skargi, że pili w karczmach i wracali zbyt późno. Szpitala nie należało zamykać zbyt wcześnie, a powinno się to czynić o zachodzie słońca. Tych, którzy się spóźniali, karano pozbawieniem wolności poprzez zamknięcie na jakiś czas w budynku. Wspomniano także, że problem sprawiało utrzymanie porządku podczas wspólnie spożywanych posiłków przy stole. Pensjonariusze wypraszali na ulicach o jałmużnę oraz zbierali chleb przez cały tydzień. Pieczywo wyrabiali również sami ze zboża zgromadzonego w spichlerzach. Nadto ubodzy żebrali z koszami w niedziele i piątki. Skarbonka szpitalna była w posiadaniu samych biednych. Kuratorom zwrócono zaś uwagę, aby zgromadzone pieniądze dzielili według wieku i zasług albo ich braku, tak aby otrzymali je również chorzy.”
W wieku XVIII w. kościół wraz ze szpitalem chylił się ku upadkowi, wymagał wielu napraw. Przypominał ruinę, lecz wizytacje z przełomu XVIII i XIX w. wskazują, że dokonano licznych napraw i świątynia prezentowała już dobry stan. Pomimo tego w 1817 r. kompleks przeznaczono na sprzedaż, w wyniku czego jeden z najstarszych bydgoskich kościołów szpitalnych zakończył swoją działalność. W 1877 r. Cały zespół rozebrano, a na jego fundamentach wzniesiono kamienicę mieszkalną.

Literatura
Michna R., 2010, Nie tylko u św. Ducha - bydgoskie szpitale z XVI-wieczną metryką, Kronika bydgoska XXXII, TMMB, s. 75-109.

Faktura
Rafał G. Nowicki - prawdopodobna lokalizacja szpitalnego kościoła św. Stanisława