Zgodnie z regułą zakonu priorytetem zgromadzenia było krzewienie wiary przez działalność kaznodziejską, nauczanie doktryny chrześcijańskiej, słuchanie spowiedzi, uczynki miłosierdzia i działalność misyjna, zarówno wśród pogan, jak i różnowierców (Niemiec 1991). Dla realizacji tego celu mieszczanie bydgoscy przekazali jezuitom m.in. okazałe kamienice w centrum miasta. W pierwszym okresie w mieście zamieszkało trzech księży jezuitów. Pracowali oni jako kaznodzieje i spowiednicy przy bydgoskiej farze, prowadząc także szkołę gramatyki znajdująca się w jednej z kamienic przy rynku. Najpilniejszą potrzebą było wybudowanie kościoła oraz obiektów pozwalających rozszerzyć działalność edukacyjną. Do budowy świątyni przystąpiono w 1637 r. Dwa lata później rozpoczęły się prace przy wznoszeniu obiektu szkolnego. Istotną rolę w realizacji tych przedsięwzięć miało wsparcie Jerzego Ossolińskiego - ówczesnego starosty bydgoskiego, który przyjął na siebie poważne zobowiązaniu finansowe, wspierając jezuitów pokaźnymi fundacjami finansowymi. Jako fundator wystąpił m.in. również Kasper Działyński - późniejszy biskup chełmiński. Pracami budowlanymi kierował m.in. Wojciech Przybyłkiewicz - budowniczy zatrudniany także przy wznoszeniu obiektów jezuickich w innych miejscowościach. Szkołę ukończono wcześniej niż kościół. Powstał wydatny, reprezentacyjny gmach, którego gabaryty pozwoliły w 1647 r. na uniezależnienie się bydgoskiej szkoły od toruńskiej i podniesienie jej do rangi kolegium. Dokonano tego w 1647 r. Pierwszym rektorem szkoły został o. Mikołaj Nowina-Konarzewski (Alabrudzińska 1989/1991). Prace przy kościele zakończono w 1649 r. a uroczysta konsekracja całego kompleksu odbyła się w 1653 r.
Zrazu kościół otrzymał oprawę manierystyczną. Był budowlą jednonawową o długości korpusu ok. 36 m. i szerokości 13,4 m., z prezbiterium i dwoma kaplicami, bezwieżową. Dwuspadowy dach pokryto dachówką. Obiekt wkomponowano w zachodnią pierzeję rynku. Odległość kościoła od stojącego za nim kolegium wynosiła 11,5 m. Najstarszy wizerunek kościoła dokumentuje szczęśliwie zachowany sztych  z 1657 r. wykonany przez  Eryka Dahlberga. Widać na niej, że prostokątną fasadę świątyni podzielono gzymsami na sześć pól i zakończono trójkątnym szczytem zwieńczonym krzyżem. Wejście obramowano półkolumnami z figurami świętych. Na sztychu widoczna jest już jedna wieża ukończona w latach 50. XVII w. Drugą więżę dostawiono  pod koniec wieku XVII w. Wkrótce dwie 48-metrowe barokowe wieże kościoła jezuitów stały się znakiem charakterystycznym, rozpoznawalnym symbolem miasta (Alabrudzińska 1989/1991). Zdaniem S. Pastuszewskiego kościół odznaczał się pewnym podobieństwem do jezuickiej świątyni z 1595 w Starej Szkocji (Starych Szkotach) za murami Gdańska (Pastuszewski 1989/1990).
W 1773 roku papież Klemens XIV podjął decyzję o rozwiązaniu zakonu jezuitów. Za zgodą Fryderyka II zgromadzenie działało jeszcze kilka lat na terenie Prus, jednakże brewe kasacyjne biskupa kujawskiego z 1780 r. sprawiło, że kolegium definitywnie zlikwidowano w 1782 r.
Na początku XIX w. kościołowi nadano wezwanie św. Ignacego Loyoli.
Jednym z nadzwyczaj dramatycznych, a jednocześnie niecodziennych wydarzeń z dziejów kościoła był wypadek z 18 czerwca 1848 roku, kiedy to potężna wichura strąciła hełmy wież. Fakt ten dokumentuje zapis w pamiętniku córki dyrektora gimnazjum Adelheid Sturm: ,,O godzinie 3-ej po południu słońce pociemniało i duchy rozpoczęły swą potworną zabawę. Grzmoty i błyskawice występowały na przemian, ale mimo, że grzmoty wygrywały na najsilniejszych rejestrach zostały stłumione przez potężne wichry, które wyły za oknami. Miał miejsce ulewny deszcz z gradobiciem (...) Ten piekielny hałas w końcu ustał tak nagle jak powstał. Deszcz padał już spokojniej, znów zrobił się dzień, a świeże powietrze wdzierało się do pomieszczeń przez wybite szyby (...) Gdy wyjrzeliśmy przez tylne okno, moja siostra zawołała: Na kościele nie ma już wież!. Deszcz prawie zupełnie przestał padać i cała nasza rodzina popędziła na dół, a potem wzdłuż małej uliczki, która dzieliła nas od rynku. Ujrzeliśmy następujący widok: Cały rynek stanowił jedno rumowisko, a szpice wież wbiły się głęboko w nawierzchnię. Pół Bydgoszczy przyszło to oglądać. Ludzie stali i podziwiali." (Pastuszewski 1989/1991). Wkrótce po tym incydencie powołano Komitet Odbudowy Wieżyc Kościoła Jezuickiego, który zajął się m.in. zbiórką składek na rekonstrukcję wież. Wieże ostatecznie odbudowano w latach 80. XIX w. w stylu neogotyckim. W 1881 roku kościół został przekazany w wieczyste posiadanie niemieckiej wspólnocie rzymsko-katolickiej. Niemieccy katolicy ufundowali trzy dzwony dedykowane św. Ignacemu Loyoli, św. Bonifacemu i św. Wojciechowi. Dzwony odlał bydgoski ludwisarz Carl Gross.
W 1940 r. kościół jezuicki został zburzony przez hitlerowców. Zarząd Budowlany Miasta Bydgoszczy zwrócił się z pismem do bydgoskich firm budowlanych: Maxa Reicha, Hansa Mielkiego. Richarda Mielkiego, Bruno Weisa i Antoniego Jaworskiego z ofertą wykonania prac rozbiórkowych. Na ofertę odpowiedziała tylko firma Richarda Mielkiego. Magistrat wydatował na ten cel niebagatelną sumę ponad 25 tys.marek. Ostatnia msza św. odbyła się rano w poniedziałek 8 stycznia 1940 roku.
Do Bydgoszczy jezuici powrócili dopiero w 1946 r. Pierwotnie była to kilkuosobowa grupa z o. Władysławem Wańtuchowskim na czele. Księża otrzymali po-ewangelicki neogotycki kościół przy Placu Kościeleckich. Świątynię tą użytkują po dziś dzień w ramach parafii pw. św. Andrzeja Boboli.
W publicznej dyskusji mieszkańców miasta wątek rekonstrukcji zachodniej pierzei rynku w nawiązaniu do istniejącej tu świątyni powraca od 1946 r., kiedy to na pierwszym posiedzeniu Towarzystwa Miłośników Miasta Bydgoszczy zgłoszono postulat odtworzenia kościoła (Pastuszewski 1989/1991).

Literatura
Alabrudzińska E., 1989/1991,. Kolegium jezuickie w Bydgoszczy w XVII i XVIII w., Kronika Bydgoska XI (1989). Bydgoszcz, s. 179-193.
Niemiec J., 1998, Z dziejów szkolnictwa jezuickiego na ziemiach Rzeczypospolitej w latach
1564-1886, Resovia Sacra. Studia Teologiczno-Filozoficzne Diecezji Rzeszowskiej 5, s. 263-283.
Pastuszewski S., 1989/1991, Kościół pod wezwaniem św. Krzyża (później św. Ignacego Loyoli) w Bydgoszczy, Kronika Bydgoska XI (1989). Bydgoszcz, s. 195-219.

Fotografia
Narodowe Archiwum Cyfrowe [on line] www.nac.gov.pl (data dostępu: 20.06.2023)